产品简介

真核有参转录组测序（Eukaryotic Reference-based Transcriptome Sequencing）是一种针对已有参考基因组的真核生物，通过高通量测序技术全面解析特定组织或细胞在特定状态下mRNA表达谱的技术。该技术能够检测基因表达水平、差异表达基因、可变剪切、基因融合、新转录本、SNP/InDel等，为基因功能研究和调控机制解析提供关键数据支持。

技术优势

（1）高通量与高灵敏度

高通量测序：基于Illumina、PacBio等平台，单次实验可覆盖数百万级reads，实现全基因组范围的转录本分析。

低起始量要求：部分服务商支持RNA起始量低至0.4 μg，兼容FFPE样本、血浆、外泌体等特殊样本。

链特异性文库：采用dUTP或链特异性建库方法，精准区分转录本方向性，提升定量准确性。

（2）全面性与无偏性

无探针依赖：无需预设探针，可发现稀有转录本、新剪接异构体及未注释基因。

多维度分析：支持基因表达定量、差异分析、功能富集（GO/KEGG）、可变剪切、基因融合、SNP/InDel、新转录本预测等。

（3）技术流程标准化

标准化流程：样本处理：兼容组织、细胞、FFPE等样本，RNA质量要求RIN ≥7.0，浓度≥50 ng/μl。

文库构建：polyA捕获或rRNA去除法提取mRNA，链特异性建库。

测序与质控：Illumina PE150/PE100测序，Q30≥85%，数据稳定性高。

数据分析：基于参考基因组比对，结合多算法（如Hisat2、StringTie）解析表达谱。

技术路线

应用领域

1、基础研究

（1）生长发育机制

案例：小鼠胚胎发育研究中，通过转录组测序揭示hair细胞与non-hair细胞分化路径（Nature 2025）。

应用：解析时空特异性基因表达图谱，构建发育轨迹模型。

（2）胁迫响应

案例：拟南芥根部snRNA-seq揭示干旱胁迫下的代谢重编程（Plant Cell 2025）。

应用：研究植物对盐碱、干旱等逆境的适应机制。

（3）基因结构与功能

案例：水稻抗病基因NLR的可变剪切分析，发现新剪接异构体增强抗病性（Genome Research 2025）。

应用：发现新转录本、基因融合事件，完善基因注释。

2、 临床医学

（1）疾病机制研究

案例：研究发现DDX46通过抑制干扰素转录本翻译调控抗病毒免疫（Nat Immunol 2017）。

应用：解析肿瘤、炎症、神经退行性疾病中的关键基因和信号通路。

（2）生物标志物开发

案例：三阴性乳腺癌（TNBC）研究中，鉴定LncRNA HOTAIR作为预后标志物（STTT 2024）。

应用：筛选疾病早期诊断标志物，指导个性化治疗。

（3）药物靶点筛选

案例：研究发现肺癌靶向药物EGFR突变与耐药性关联（Cell Stem Cell 2020）。

应用：评估药物对基因表达的影响，加速靶点验证。

3、农业与育种

（1）作物性状改良

案例：番茄转录组分析揭示SUN基因调控果实形态，指导高产育种（Nature 2025）。

应用：解析抗病、抗逆、高产性状相关基因，优化品种选育。

（2）经济动物研究

案例：猪脂肪沉积相关基因FABP4的表达调控机制（J Anim Sci 2024）。

应用：提升肉质、产奶量等经济性状。

4、多组学整合

（1）转录组+表观组

案例：研究可以结合乳酸化修饰与转录组数据，揭示代谢重编程驱动肝癌转移（Nat Metab 2025）。

应用：解析表观遗传与转录调控的协同作用。

（2）转录组+蛋白质组

案例：研究联合转录组与蛋白质组分析，发现癌症中失调的翻译后修饰（Mol Cell 2024）。

应用：验证转录后调控机制，挖掘关键功能蛋白。