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IncRNA测序

产品简介

长链非编码RNA（long non-coding RNA, lncRNA）是一类长度超过200 nt、不编码蛋白质的RNA分子，广泛参与基因表达调控、表观遗传修饰、细胞分化、疾病发生等过程。lncRNA测序（lncRNA sequencing）通过高通量测序技术，结合生物信息学分析，全面鉴定样本中已知和未知的lncRNA，并解析其表达模式、靶基因调控网络及生物学功能。相比传统方法（如芯片、qPCR），lncRNA测序具有更高的灵敏度、分辨率和无偏检测能力，已成为生命科学研究的重要工具。

技术优势

  • 高通量与高灵敏度：一次测序可获得数百万条reads，检测低至单拷贝水平的lncRNA。

  • 链特异性建库：保留转录本方向性，支持操纵子预测和反义转录本分析。

  • 无需依赖已知信息：既可鉴定已知lncRNA（比对参考基因组），也可预测新lncRNA（基于转录本拼接和结构特征）。

  • 多组学整合：支持与mRNA、miRNA、表观组联合分析，构建“lncRNA-靶基因-信号通路”调控网络。

  • 样本起始量低：支持总RNA起始量低至1 μg。

  • 数据质量高：Q30≥85%（Illumina平台），Q20＞90%（Oxford Nanopore）。

  • 分析深度广：覆盖lncRNA表达谱、靶基因预测、共表达网络、cis/trans调控、功能富集等。

  • 定制化服务：提供从样本提取到数据分析的全流程解决方案，支持特殊样本类型（如外泌体、FFPE组织）


技术路线

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应用领域

1、医学与临床研究

（1）疾病机制解析与标志物开发

案例：神经母细胞瘤中lncNB1调控肿瘤进展（Nature Communications 2022）技术：lncRNA-seq + ChIP + 裸鼠移植实验

成果：发现lncNB1通过结合核糖体蛋白RPL35调控DEPDC1B和E2F1表达，促进肿瘤增殖。

应用：癌症早筛：血液/体液中异常表达的lncRNA作为肿瘤标志物（如miR-342-3p与心脏修复相关）。

预后预测：lncRNA表达谱与患者生存率相关（如神经母细胞瘤中lncNB1高表达提示较差预后）。

（2）治疗靶点与药物开发

案例：前列腺癌中lncRNA PCA3的靶向治疗（Cancer Research 2021）技术：lncRNA-seq + 小干扰RNA（siRNA）

成果：PCA3抑制雄激素受体信号通路，成为新型治疗靶点。

应用：靶向治疗：设计lncRNA mimic/inhibitor调控关键通路（如MAPK/ERK通路）。

药物筛选：基于lncRNA表达谱筛选小分子药物（如抑制剂或激动剂）。

2、农业与生物技术

（1）作物抗逆性研究

案例：水稻种子发育中lncRNA功能解析（Plant Physiology 2023）技术：lncRNA-seq + mRNA-seq联合分析

成果：鉴定差异lncRNA靶基因富集于细胞代谢和发育相关通路，揭示其调控种子发育的机制。

应用：抗逆育种：筛选耐盐碱、抗旱作物品种。

基因编辑：通过CRISPR/Cas9调控关键lncRNA表达。

（2）畜禽养殖优化

案例：藏羊繁殖力相关lncRNA挖掘（青海省科技厅项目 2024）技术：lncRNA-seq + circRNA-seq联合分析

成果：鉴定210个差异lncRNA，揭示FecB基因SNP与多羔性状的关联。

应用：性状改良：提升肉质、产奶量等经济性状。

疾病防控：解析病原体感染相关的lncRNA响应机制。

3、基础科学研究

（1）生长发育调控

案例：果蝇胚胎发育中lncRNA调控（Developmental Biology 2020）技术：胚胎lncRNA测序

成果：发现lncRNA-14调控细胞凋亡与器官形成。

应用：模式生物研究：解析lncRNA在胚胎发育、性别决定中的作用。

进化分析：比较不同物种lncRNA保守性（如哺乳动物vs昆虫）。

（2）表观遗传学

案例：X染色体失活中Xist lncRNA的作用（Cell 2021）技术：lncRNA-seq + smFISH成像

成果：揭示Xist通过招募PRC2复合物实现染色质沉默。

应用：基因沉默机制：研究lncRNA介导的DNA甲基化、组蛋白修饰。

非编码RNA功能：解析siRNA、piRNA等非编码RNA的调控网络。

4、工业与环境研究

（1）工业微生物优化

案例：乳酸菌发酵过程中lncRNA调控代谢（Lactobacillus bulgaricus）技术：发酵液lncRNA测序

成果：发现lncRNA-23b调控乳酸合成通路。

应用：产酶能力提升：优化碳源利用效率（如淀粉降解酶）。

菌株改造：定向敲除/过表达关键lncRNA。

（2）环境微生物研究

案例：深海微生物降解有机质的lncRNA调控（Microbiome 2024）技术：宏转录组+lncRNA测序

成果：揭示lncRNA-124靶向脂肪酸氧化酶。

应用：生物修复：筛选污染物降解菌株的lncRNA响应机制。

极端环境适应：解析嗜热、嗜盐微生物的lncRNA调控网络。