• 高通量与高灵敏度：一次测序可获得数百万条reads，检测低至单拷贝水平的lncRNA。

• 链特异性建库：保留转录本方向性，支持操纵子预测和反义转录本分析。

• 无需依赖已知信息：既可鉴定已知lncRNA（比对参考基因组），也可预测新lncRNA（基于转录本拼接和结构特征）。

•  多组学整合：支持与mRNA、miRNA、表观组联合分析，构建“lncRNA-靶基因-信号通路”调控网络。

•  样本起始量低：支持总RNA起始量低至1 μg。

•  数据质量高：Q30≥85%（Illumina平台），Q20＞90%（Oxford Nanopore）。

•  分析深度广：覆盖lncRNA表达谱、靶基因预测、共表达网络、cis/trans调控、功能富集等。

•  数据分析深度：提供从基因注释到功能富集、转录因子挖掘的全流程分析。

•  定制化服务：提供从样本提取到数据分析的全流程解决方案，支持特殊样本类型（如外泌体、FFPE组织）。

案例：神经母细胞瘤中lncNB1调控肿瘤进展（Nature Communications 2022）技术：lncRNA-seq + ChIP + 裸鼠移植实验。 

成果：发现lncNB1通过结合核糖体蛋白RPL35调控DEPDC1B和E2F1表达，促进肿瘤增殖。 

应用：癌症早筛：血液/体液中异常表达的lncRNA作为肿瘤标志物（如miR-342-3p与心脏修复相关）。 

预后预测：lncRNA表达谱与患者生存率相关（如神经母细胞瘤中lncNB1高表达提示较差预后）。

案例：前列腺癌中lncRNA PCA3的靶向治疗（Cancer Research 2021）技术：lncRNA-seq + 小干扰RNA（siRNA）。 

成果：PCA3抑制雄激素受体信号通路，成为新型治疗靶点。

应用：靶向治疗：设计lncRNA mimic/inhibitor调控关键通路（如MAPK/ERK通路）。

药物筛选：基于lncRNA表达谱筛选小分子药物（如抑制剂或激动剂）。

案例：水稻种子发育中lncRNA功能解析（Plant Physiology 2023）技术：lncRNA-seq + mRNA-seq联合分析。 

成果：鉴定差异lncRNA靶基因富集于细胞代谢和发育相关通路，揭示其调控种子发育的机制。

应用：抗逆育种：筛选耐盐碱、抗旱作物品种。

基因编辑：通过CRISPR/Cas9调控关键lncRNA表达。

案例：藏羊繁殖力相关lncRNA挖掘（青海省科技厅项目 2024）技术：lncRNA-seq + circRNA-seq联合分析。

成果：鉴定210个差异lncRNA，揭示FecB基因SNP与多羔性状的关联。

应用：性状改良：提升肉质、产奶量等经济性状。

疾病防控：解析病原体感染相关的lncRNA响应机制。

案例：果蝇胚胎发育中lncRNA调控（Developmental Biology 2020）技术：胚胎lncRNA测序。 

成果：发现lncRNA-14调控细胞凋亡与器官形成。

应用：模式生物研究：解析lncRNA在胚胎发育、性别决定中的作用。

进化分析：比较不同物种lncRNA保守性（如哺乳动物vs昆虫）。

案例：X染色体失活中Xist lncRNA的作用（Cell 2021）技术：lncRNA-seq + smFISH成像。 

成果：揭示Xist通过招募PRC2复合物实现染色质沉默。

应用：基因沉默机制：研究lncRNA介导的DNA甲基化、组蛋白修饰。

非编码RNA功能：解析siRNA、piRNA等非编码RNA的调控网络。

案例：乳酸菌发酵过程中lncRNA调控代谢（Lactobacillus bulgaricus）技术：发酵液lncRNA测序。 

成果：发现lncRNA-23b调控乳酸合成通路。

应用：产酶能力提升：优化碳源利用效率（如淀粉降解酶）。

菌株改造：定向敲除/过表达关键lncRNA。

案例：深海微生物降解有机质的lncRNA调控（Microbiome 2024）技术：宏转录组+lncRNA测序。 

成果：揭示lncRNA-124靶向脂肪酸氧化酶。

应用：生物修复：筛选污染物降解菌株的lncRNA响应机制。

极端环境适应：解析嗜热、嗜盐微生物的lncRNA调控网络。