• 无需参考基因组：适用于无参考基因组的物种（如特殊动植物、微生物等）。

• 高灵敏度：可检测稀有转录本（低至几个拷贝）。

• 全基因组覆盖：无需预先设计探针，直接解析转录本结构（如可变剪切、UTR区域）。

•  数字化信号：单核苷酸分辨率，避免传统微阵列的交叉反应和背景噪音问题。

•  样本起始量低：支持RNA起始量低至0.4 μg。

•  周期快：项目周期短至35天。

•  多组学整合：支持与蛋白组、代谢组联合分析。

•  数据分析深度：提供从基因注释到功能富集、转录因子挖掘的全流程分析。

案例：通过转录组测序解析植物抗逆机制（如干旱胁迫下的基因表达变化）。 

应用：基因边界鉴定：发现新基因或转录本。 

可变剪切研究：解析不同剪接事件对蛋白质功能的影响。 

非编码RNA功能：研究lncRNA、miRNA前体的调控作用。

案例：比较不同海拔地区植物的转录组，揭示高海拔适应性基因。 

应用：基因家族进化：分析同源基因的扩张与收缩。

环境响应机制：解析温度、盐碱等胁迫下的基因调控网络。

案例：通过转录组测序挖掘水稻抗稻瘟病相关基因（如NBS-LRR类基因）。 

应用：抗病/抗虫基因筛选：指导分子育种。

逆境胁迫机制：解析干旱、盐碱等环境下的基因表达规律。

案例：番茄SUN基因调控果实形态的研究（Nature 2025）。

应用：产量性状优化：提升果实大小、风味等。

品质改良：解析次生代谢产物合成通路（如类黄酮、萜类）。

案例：肿瘤微生态研究中发现Fusobacterium nucleatum与结直肠癌的关联。 

应用：生物标志物筛选：发现疾病相关基因（如癌症驱动基因）。

药物靶点挖掘：解析药物耐受/敏感性相关的转录特征。

案例：通过转录组测序预测华法林剂量（CYP2C9/VKORC1基因多态性）。 

应用：药物疗效预测：避免不良反应（如卡马西平引发的史蒂文斯-约翰逊综合征）。

精准分型：基于基因表达模式指导治疗方案。

案例：蚯蚓暴露于TCEP和nZVI的转录组研究揭示协同毒性机制（Environmental Pollution 2023）。 

应用：污染物降解菌挖掘：筛选高效降解微生物。

生态毒理研究：解析污染物对生物体的分子影响。

案例：冰川微生物转录组测序发现新型酶类（如耐高温蛋白酶）。 

应用：工业酶开发：挖掘耐高温、耐极端pH的酶。

生物资源利用：解析极端环境微生物的代谢潜力。

案例：乳酸菌Lactobacillus reuteri基因组测序助力益生菌功能验证。 

应用：发酵工艺优化：提升酸奶、酱油等产品的发酵效率。

代谢工程改造：定向改造菌株以提高目标产物产量。

案例：通过转录组数据设计合成基因回路（如生物传感器）。 

应用：基因线路设计：基于基因表达调控实现功能模块化。

生物燃料生产：优化碳代谢通路以提高乙醇产量。