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smallRNA测序

产品简介

Small RNA（小RNA）是一类长度在18-30 nt的非编码RNA分子，主要包括miRNA、siRNA、piRNA、snoRNA、tsRNA等。它们通过调控基因表达、RNA加工、蛋白质翻译、遗传入侵抑制等机制，在生命活动的各个阶段发挥重要作用。Small RNA测序利用高通量测序技术，全面鉴定样本中的已知和未知Small RNA，解析其表达模式、靶基因调控网络及生物学功能。相比传统方法（如芯片、qPCR），Small RNA测序具有更高的灵敏度、分辨率和无偏检测能力，已成为生命科学研究的重要工具。

技术优势

  • 高通量与高灵敏度：一次测序可获得数百万条reads，检测低至单拷贝水平的Small RNA。

  • 稳定性强：Small RNA分子稳定性高，尤其miRNA在血液中可通过外泌体保护，适合临床样本检测。

  • 无偏检测：既可鉴定已知Small RNA（比对数据库），也可预测新Small RNA（基于序列特征和保守性）。

  • 多组学整合：支持与mRNA、lncRNA、表观组联合分析，构建“Small RNA-靶基因-信号通路”调控网络。

  • 样本起始量低：支持总RNA起始量低至2 μg。

  • 数据质量高：Q30≥85%（Illumina平台），Q20＞90%（Oxford Nanopore）。

  • 分析深度广：覆盖Small RNA鉴定、靶基因预测、通路富集、差异表达、miRNA家族分析、碱基编辑分析等。

  • 定制化服务：提供从样本提取到数据分析的全流程解决方案，支持特殊样本类型（如外泌体、FFPE组织）。


技术路线

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应用领域

1、医学与临床研究

（1）疾病诊断与标志物开发

案例：心肌梗死后心力衰竭（Cell Death & Differentiation 2025）技术：Small RNA-seq + 功能验证

成果：发现circ-SNRK通过负反馈机制调控心脏能量代谢，成为潜在治疗靶点。

应用：癌症早筛：血液/体液中异常表达的Small RNA作为肿瘤标志物（如miR-342-3p与心脏修复相关）。

预后预测：Small RNA表达谱与患者生存率相关（如神经母细胞瘤中lncNB1高表达提示较差预后）。

（2）治疗靶点与药物开发

案例：前列腺癌中PCA3的靶向治疗（Cancer Research 2021）技术：Small RNA-seq + 小干扰RNA（siRNA）

成果：PCA3抑制雄激素受体信号通路，成为新型治疗靶点。

应用：靶向治疗：设计Small RNA mimic/inhibitor调控关键通路（如MAPK/ERK通路）。

药物筛选：基于Small RNA表达谱筛选小分子药物（如抑制剂或激动剂）。

2、农业与生物技术

（1）作物抗逆性研究

案例：植物茉莉酸（JA）响应中Small RNA功能解析（Plant Physiology 2023）技术：Small RNA-seq + mRNA-seq联合分析

成果：鉴定8588个Small RNA，揭示其在JA信号通路中的调控作用。

应用：抗逆育种：筛选耐盐碱、抗旱作物品种。

基因编辑：通过CRISPR/Cas9调控关键Small RNA表达。

（2）畜禽养殖优化

案例：藏羊繁殖力相关Small RNA挖掘（青海省科技厅项目 2024）技术：Small RNA-seq + circRNA-seq联合分析

成果：鉴定210个差异Small RNA，揭示FecB基因SNP与多羔性状的关联。

应用：性状改良：提升肉质、产奶量等经济性状。

疾病防控：解析病原体感染相关的Small RNA响应机制。

3、基础科学研究

（1）生长发育调控

案例：果蝇胚胎发育中Small RNA调控（Developmental Biology 2020）技术：胚胎Small RNA测序

成果：发现Small RNA-14调控细胞凋亡与器官形成。

应用：模式生物研究：解析Small RNA在胚胎发育、性别决定中的作用。

进化分析：比较不同物种Small RNA保守性（如哺乳动物vs昆虫）。

（2）表观遗传学

案例：超级增强子（SE）调控Small RNA亚型多样性（NAR 2025）技术：Small RNA-seq + 纳米孔测序

成果：揭示SE通过调控Small RNA稳定性影响肿瘤发生。

应用：基因沉默机制：研究Small RNA介导的DNA甲基化、组蛋白修饰。

非编码RNA功能：解析siRNA、piRNA等非编码RNA的调控网络。

4、工业与环境研究

（1）工业微生物优化

案例：乳酸菌发酵过程中Small RNA调控代谢（Lactobacillus bulgaricus）技术：发酵液Small RNA测序

成果：发现Small RNA-23b调控乳酸合成通路。

应用：产酶能力提升：优化碳源利用效率（如淀粉降解酶）。

菌株改造：定向敲除/过表达关键Small RNA。

（2）环境微生物研究

案例：深海微生物降解有机质的Small RNA调控（Microbiome 2024）技术：宏转录组+Small RNA测序

成果：揭示Small RNA-124靶向脂肪酸氧化酶。

应用：生物修复：筛选污染物降解菌株的Small RNA响应机制。

极端环境适应：解析嗜热、嗜盐微生物的Small RNA调控网络。